Английская Википедия:Comparison of force-field implementations

Материал из Онлайн справочника
Перейти к навигацииПерейти к поиску

Шаблон:Short description

This is a table of notable computer programs implementing molecular mechanics force fields.

Program OPLS AMBER CHARMM GAFF MMFF QVBMM UFF Comments
Abalone Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes For proteins, DNA, ligands
AMBER Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No
Ascalaph Designer Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No
Avogadro Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes
Balloon Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No MMFF94-like
BOSS Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No
CHARMM Шаблон:Yes* Шаблон:Yes* Шаблон:Yes* Шаблон:Yes[1] Шаблон:Some Шаблон:No Шаблон:No * in standard distribution
Gabedit Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No
Gaussian mm utility Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:Yes Dreiding field available
GROMACS Шаблон:Yes Шаблон:Yes* Шаблон:Yes* Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No * in standard distribution since v4.5.0
MOE Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No
NAMD Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No
Q Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No For biopolymers
Tinker Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No For proteins, organic molecules
Towhee Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:Yes Monte Carlo
Yasara Шаблон:No Шаблон:Yes Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Шаблон:No Plus custom fields for hires refinement

See also

References

Шаблон:Reflist