Английская Википедия:Comparison of nucleic acid simulation software

This is a list of notable computer programs that are used for nucleic acids simulations.

Name	View 3D	Model build	Min	MD	MC	REM	Crt	Int	Exp	Imp	Lig	GPU	Comments	License	Website
Abalone	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	DNA, proteins, ligands	Шаблон:Free	Agile Molecule
AMBER^[1]	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes^[2]	AMBER force field	Шаблон:Proprietary	ambermd.org
Ascalaph Designer	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	AMBER	Шаблон:Free, GPL	biomolecular-modeling.com
CHARMM	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	CHARMM force field	Шаблон:Proprietary	charmm.org
CP2K	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes		Шаблон:Free, GPL	cp2k.org
Forecaster (Fitted)^[3]	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Small molecule docking to nucleic acids with water placement	Free for academia, Proprietary	Molecular Forecaster Шаблон:Webarchive
ICM^[4]	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Global optimization	Шаблон:Proprietary	Molsoft
JUMNA^[5]	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No		Шаблон:Proprietary
MDynaMix^[6]	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Common MD	Шаблон:Free, GPL	Stockholm University
Molecular Operating Environment (MOE)	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No		Шаблон:Proprietary	Chemical Computing Group
Nucleic Acid Builder (NAB)^[7]	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Generates models for unusual DNA, RNA	Шаблон:Free, GPL	New Jersey University
NAnoscale Molecular Dynamics (NAMD)	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Fast, parallel MD, CUDA	Шаблон:Free	University of Illinois
oxDNA^[8]^[9]	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Coarse-grained models of DNA, RNA	Шаблон:Free, GPL	dna.physics.ox.ac.uk LAMMPS CG-DNA
QRNAS ^[10]	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	High resolution refinement of models of RNA, DNA and hybrids using AMBER force field .	Шаблон:Free, GPL	Genesilico Github
SimRNA^[11]	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Coarse grained modeling of RNA	Free for Academic, Proprietary	Genesilico
SimRNAweb^[12]	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Coarse grained modeling of RNA	Free	Genesilico
YASARA	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Шаблон:Yes	Шаблон:No	Interactive simulations	Шаблон:Proprietary	www.YASARA.org

References

Шаблон:Reflist

Шаблон:Computer simulation

[1] Шаблон:Cite journal

[2] Шаблон:Cite web

[3] Шаблон:Cite journal

[4] Шаблон:Cite journal

[5] Шаблон:Cite journal

[6] Шаблон:Cite journal

[7] Шаблон:Cite journal

[8] Шаблон:Cite journal

[9] Шаблон:Cite journal

[10] Шаблон:Cite journal

[11] Шаблон:Cite journal

[12] Шаблон:Cite journal

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

Партнерские ресурсы
Криптовалюты	Обмен криптовалют - www.bestchange.ru Криптовалютная биржа CoinEx Криптовалютная биржа Binance HIVE OS - операционная система для майнинга e4pool - Мультивалютный пул для майнинга.
Магазины	AliExpress — глобальная виртуальная (в Интернете) торговая площадка, предоставляющая возможность покупать товары производителей из КНР; computeruniverse.net - Интернет-магазин компьютеров(Промо код 5 Евро на первую покупку:FWWC3ZKQ);
Хостинг	DigitalOcean - американский провайдер облачных инфраструктур, с главным офисом в Нью-Йорке и с центрами обработки данных по всему миру;
Разное	Викиум - Онлайн-тренажер для мозга Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства. Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft. Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память. Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России. Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме. Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео. Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона. «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется. StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт. Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено. StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.

Английская Википедия:Comparison of nucleic acid simulation software

See also

References

Навигация

Действия на странице

Действия на странице

Персональные инструменты

Навигация

Поиск

Инструменты