DIMPL (Discovery of Intergenic Motifs PipeLine) is a bioinformatic pipeline that enables the extraction and selection of bacterial GC-rich intergenic regions (IGRs) that are enriched for structured non-coding RNAs (ncRNAs).[1] The method of enriching bacterial IGRs for ncRNA motif discovery was first reported for a study in "Genome-wide discovery of structured noncoding RNAs in bacteria".[2]
DIMPL pipeline automates the process of total genome analysis by extracting IGRs, filtering them by length and nucleic acid composition, and collecting the data necessary to identify candidate motifs and assign their possible functions. DIMPL pipeline provides reproducible techniques for identifying genomic regions enriched for ncRNA through support vector machine (SVM) classifiers. It can be used to look for nucleic acid and protein motifs, including riboswitch-like elements, upstream open reading frames (uORFs), short open reading frames (sORFs), ribosomal protein leader sequences, selfish genetic elements and other structured RNA motifs of unknown function.
DIMPL uses various sequence analysis resources, including:
- Rfam database,[3] as a reference of known RNA families
- BLASTX search tool,[4] to eliminate unannotated protein coding regions
- INFERNAL package,[5][6] to search the IGSs sequences
- CMfinder,[7] to look for possible RNA secondary structure features
- R-scape software[8] and R2R drawing algorithm,[9] to generate the consensus model
- RNAcode,[10] to look for the presence of coding regions
- GenomeView,[11] to visualize the genetic context of the RNA motif
RNA motifs discovered using DIMPL include HMP-PP riboswitch, icd-II ncRNA motif, carA ncRNA motif, ldh2 ncRNA motif,[12] among others.
References
Шаблон:Reflist
| Партнерские ресурсы |
|---|
| Криптовалюты |
|
|---|
| Магазины |
|
|---|
| Хостинг |
|
|---|
| Разное |
- Викиум - Онлайн-тренажер для мозга
- Like Центр - Центр поддержки и развития предпринимательства.
- Gamersbay - лучший магазин по бустингу для World of Warcraft.
- Ноотропы OmniMind N°1 - Усиливает мозговую активность. Повышает мотивацию. Улучшает память.
- Санкт-Петербургская школа телевидения - это федеральная сеть образовательных центров, которая имеет филиалы в 37 городах России.
- Lingualeo.com — интерактивный онлайн-сервис для изучения и практики английского языка в увлекательной игровой форме.
- Junyschool (Джунискул) – международная школа программирования и дизайна для детей и подростков от 5 до 17 лет, где ученики осваивают компьютерную грамотность, развивают алгоритмическое и креативное мышление, изучают основы программирования и компьютерной графики, создают собственные проекты: игры, сайты, программы, приложения, анимации, 3D-модели, монтируют видео.
- Умназия - Интерактивные онлайн-курсы и тренажеры для развития мышления детей 6-13 лет
- SkillBox - это один из лидеров российского рынка онлайн-образования. Среди партнеров Skillbox ведущий разработчик сервисного дизайна AIC, медиа-компания Yoola, первое и самое крупное русскоязычное аналитическое агентство Tagline, онлайн-школа дизайна и иллюстрации Bang! Bang! Education, оператор PR-рынка PACO, студия рисования Draw&Go, агентство performance-маркетинга Ingate, scrum-студия Sibirix, имидж-лаборатория Персона.
- «Нетология» — это университет по подготовке и дополнительному обучению специалистов в области интернет-маркетинга, управления проектами и продуктами, дизайна, Data Science и разработки. В рамках Нетологии студенты получают ценные теоретические знания от лучших экспертов Рунета, выполняют практические задания на отработку полученных навыков, общаются с экспертами и единомышленниками. Познакомиться со всеми продуктами подробнее можно на сайте https://netology.ru, линейка курсов и профессий постоянно обновляется.
- StudyBay Brazil – это онлайн биржа для португалоговорящих студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
- Автор24 — самая большая в России площадка по написанию учебных работ: контрольные и курсовые работы, дипломы, рефераты, решение задач, отчеты по практике, а так же любой другой вид работы. Сервис сотрудничает с более 70 000 авторов. Более 1 000 000 работ уже выполнено.
- StudyBay – это онлайн биржа для англоязычных студентов и авторов! Студент получает уникальную работу любого уровня сложности и больше свободного времени, в то время как у автора появляется дополнительный заработок и бесценный опыт.
|
|---|
