Узнав о существовании империи инков (Провинции Биру) в 1522 году, принял участие в походе в Перу, отправившись на юг и достигнув реки Сан-Хуан, где был номинально провозглашён губернатором. При попытке начать вторжение в империю инков, потерпел жестокое поражение. Вернулся в Панаму по причине болезни.
В 1539 году король Карл I назначил его «висидатором индейцев».
В 1540 году провозгласил себя губернатором провинции Попаян.
В 1541 году отправил экспедицию во главе с Хорхе Робледо в район будущей Антьокии к заливу Ураба (северо-западная часть Колумбии), однако тот вошёл в конфликт с губернатором КартахеныПедро де Эредия и был арестован, а Эредмия предпринял меры по отстранению Андагойи от власти.
В следующем 1542 году законный губернатор провинции Себастьян де Белалькасар сместил Андагойю и арестовал его.
1874 — Andagoya (Pascual de). Narrative of the proceedings of Pedrarias Davila in Tierra firme or Castilla del Oro, etc. (Original MS. in Spanish in Indian Archives, Seville).
1825 — См. Fernandez de Navarette (Martin) Colleccion de los Viages. Tom. iii. Madrid. 1825, etc. 4 .
1865 — Narrative of the proceedings of Pedrarias Davila in the provinces of Tierra firme or Castilla del Oro, and of the discovery of the South Sea and the coasts of Peru and Nicaragua. Translated and edited, with notes and an Introduction, by CI. R. Markham. Map. London. 1865. 8°. (Hakluyt Society. No. 34. Contains the earliest notice of Peru.)
1868 — Pascual de Andagoya, um epysodio da historia patria. As quatro derradeiras noites dos inconfid. de minas geraes. (1792). Rio de Janeiro. 1868.