Название Ботошань, вероятно, восходит к боярской семье Боташ, которая упоминается как один из важнейших родов Молдавии времён правления Стефана Великого (конца XV века), и фигурирует в хрониках начиная с XI века.
Сам город впервые упоминается в летописи историка Григоре УрекеLetopiseţul Ţării Moldovei, охватывающей историю региона с 1359 по 1594, в которой отмечено опустошительное нашествие на город татар 28 ноября1493 года.
Город благодаря своему географическому положению на стыке важных торговых путей был изначально местом проведения ярмарок. Уже в XVI веке ярмарка в Ботошанах считалась старейшей и крупнейшей во всей Молдавии. Крупные общины армянских и еврейских торговцев возникли в городе в XVII веке.
После 1775 года, когда Буковина была присоединена к империи Габсбургов, наблюдался рост еврейской общины города, которая в следующем веке составляла большинство населения города. В конце XIX века Ботошаны утрачивают прежнюю роль крупного торгового центра в связи со строительством железных дорог[2].
Освобожден от немецких войск 7 апреля 1944 года войсками 2 УФ в ходе Уманско-Ботошанской операции: 40 А — 232 сд (генерал-майор Козырь Максим Евсеевич), 51 ск (генерал-майор Авдеенко Пётр Петрович)[3].
Во второй половине XX века город значительно вырос за счёт внутренних миграций сельского населения, которого привлекала работа на крупных промышленных предприятиях, созданных здесь в советское время. До сих пор население города производит 70 % ВРП уезда, хотя составляет лишь 25 % его жителей.
