Проявил себя как мастер миниатюры, автор ряда аллегорических полотен. Работал при многих королевских дворах Европы, где он выполнял заказы на создание портретов и прочего.
Так, Вернер был приглашён в Париж и Версальский дворец короля Людовика XIV, где создал портрет монарха. Работал над украшениями Версальского дворца. В 1667 году покинул Францию, но продолжил активно творить по заказу высших аристократических кругов. Позже работал в Аугсбурге, где писал для представителей семьи Фуггеров. В Аугсбурге в 1680 году художник создал картину-аллегорию по случаю бракосочетания Великого Дофина Франции Людовика с принцессой Марией Анной Баварской. Приглашённый Баварским курфюрстом в Вене, создал портрет Леопольда I, затем был приглашён в Берлин прусским королём Фридрихом I.
Вернер под влиянием французского придворного стиля, любил изображать на своих картинах персон в виде античных богов и богинь, примером чему служит его знаменитый портрет Терезы Кунегунды Собеской, супруги курфюрста Баварии Максимилиана II, как богиню охоты Диану («Диана, отдыхающая после охоты»). Среди прочего, им создан портрет Людовика XIV, как Аполлона в триумфальной колеснице. Кроме, аллегорических картин и портретов, Вернер также писал мифологические миниатюрные сцены.
В Берлине был назначен директором недавно созданной Прусской академии искусств (1695—1700).
С 1695 по 1700 год — директор по надзору за собраниями картин в Берлине и других замках.
С 1695 по 1710 год — член Прусской академии искусств в Берлине.
