Монастырь был основан старцем Гурием в 1608 году, в последние годы земной жизни преподобного Трифона Вятского. По данным краеведа О. Н. Виноградова, монастырь был основан ещё раньше — в 1602 годуиеромонахомХлыновского Успенского монастыря Нафанаилом. Василием Шуйским монастырю были даны на оброк «дикое раменье» (целинные земли), покосы и рыбные ловли. Монастырь начал селить на этих землях крестьян. В 1662 году на монастырских землях насчитывалось 82 крестьянских двора, в 1678 году — 176 дворов, а в 1722 году уже 369 крестьянских дворов с 1612 душами в них.
В 1764 году, в ходе секуляризации церковных земель, земли монастыря были отобраны, но сам монастырь был оставлен в качестве штатного. В 1769 году монастырь сгорел, а монахи были переведены в Слободской Богоявленский монастырь, который был после этого переименован в Крестовоздвиженский.
Верхочепецкий монастырь, и вятские окраинные монастыри в целом, сыграли важную роль в освоении и заселении новых земель: расчищали лес, распахивали новые пашни, осваивали покосы, приглашали крестьян. Кроме того, велика роль этого монастыря в проповеди православияудмуртам.
Полное собрание исторических сведений о всех бывших в древности и ныне существующих монастырях и примечательных церквах в России / Составлено из достоверных источников Александром Ратшиным. М.: В Университетской Типографии, 1852. С. 564.
