Иоганн был с детства слаб здоровьем и в молодости ослеп. После отречения отца в 1282 году он правил герцогством Саксония совместно с дядей — Альбрехтом II (своим опекуном до совершеннолетия) и братьями — Альбрехтом III и Эрихом I.
В 1296 году они поделили владения на Саксен-Виттенберг, который достался Альбрехту II, и Саксен-Лауэнбург, который находился в совместном управлении братьев. В их княжество вошли Фирланд, Лауэнбург, Ратцебург, Дарцинг и Хадельн.
В 1303 году братья разделились. Иоганн стал править герцогством Саксен-Мёльн (Мёльн, часть Заксенвальда и Ратцебург). Эксклав Хадельн остался в совместном владении.
Как старший в роду, Иоганн II пользовался правами курфюрста и в 1314 году участвовал в выборах германского императора (голосовал за Людвига Баварского). Его двоюродный брат Рудольф I Саксен-Виттенбергский, который также претендовал на титул электора (курфюрста) от Саксонии, отдал свой голос Фридриху Красивому.
Wilhelm Koppe: Johann II., Herzog von Sachsen(-Lauenburg). In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 10, Duncker & Humblot, Berlin 1974, ISBN 3-428-00191-5, S. 532 f.
Cordula Bornefeld, «Die Herzöge von Sachsen-Lauenburg», in: Die Fürsten des Landes: Herzöge und Grafen von Schleswig, Holstein und Lauenburg [De slevigske hertuger; German], Carsten Porskrog Rasmussen (ed.) on behalf of the Gesellschaft für Schleswig-Holsteinische Geschichte, Neumünster: Wachholtz, 2008, pp. 373—389, ISBN 978-3-529-02606-5