Иван Дмитриев родился 9 (21) мая 1816 года в городе Москве в семье бедного ремесленника. Рано осиротев, учился и воспитывался в одной из ремесленных школ Императорского человеколюбивого общества[2].
По окончании обучения стал работать на заводах Берда и на Старочугунном механическом заводе. Дмитриев всегда был на хорошем счету у начальства; тихий, нравственный, сосредоточенный в самом себе, он усердно посещал церковь и много читал книг религиозно-нравственного содержания[2].
С 29 ноября 1859 года отец Ионафан исполнял обязанности казначея, затем во время долгой болезни игумена Дамаскина Кононова управлял монастырем, а 14 апреля 1879 года был избран братией в настоятеля монастыря[2].
За время своего игуменства Ионафан Дмитриев увеличил число монастырских строений, устроил в монастыре водопровод, молочную ферму, улучшил монастырское садоводство и огородничество, устроил паровые водокачальни, маслобойни, кирпичный завод с рельсовым путем к берегу, смолевой и кожевенный заводы; он начал постройку в монастыре обширного каменного собора. В то же время он строго следил за нравственностью братии, за строгим исполнением монастырского устава, старался приучить братию к чтению духовных книг и пополнил и привел в порядок монастырскую библиотеку[2][3].
Ионафан Дмитриев умер 20 января (1 февраля) 1891 года[2] на Валааме[1][4] и был похоронен на Игуменском кладбище, рядом с могилой игумена Дамаскина.
