В 1901 Его Святейшество благословил Александра для рукоположения в дьякона, а в конце того же года посвятил в иеромонаха и направил на службу в Нор Баязет.
В 1903 — вышел указ Николая II о конфискации церковного имущества и закрытии приходских школ. Архимандрит Хорен сопротивлялся этому решению, в связи с чем был отправлен в ссылку в Орловскую губернию, откуда вернулся в 1905.
В 1909 его выбрали викарием Араратской патриаршей епархии, а через два года, после рукоположения, ему был присвоен сан епископа.
Во время Первой мировой войны занимался общественной деятельностью, возглавив Ереванское отделение комиссии «Братской помощи», которая занималась ранеными армянскими солдатами и помощью беженцам.
В 1920 был отправлен в США. Через некоторое время вернулся в Армению, в которой произошли большие политические изменения. Чтобы как-то наладить отношения с новым правительством, Католикос Геворг V (1911—1930) в 1921 назначил его Патриаршим представителем перед государством (на этой должности архиепископ Хорен оставался до 1930).
4 марта 1923 Патриарх-Католикос Геворг V назначил Хорена своим Местоблюстителем и председателем Св. Синода.
В 1924, отказавшись от руководства Араратской Патриаршей епархией, он окончательно обосновался в Св. Эчмиадзине и вел борьбу за независимость Армянской Церкви.
12 ноября 1932 Национально-Церковный Собор выбрал его Главой Армянской Церкви. 13 ноября в Кафедральном соборе Св. Эчмиадзина прошло торжественное помазание новоизбранного Католикоса с участием 12 епископов.
5-6 апреля 1938 Патриарх-Католикос Хорен I Мурадбекян мученически погиб. В официальных сообщениях было сказано, что он умер от апоплексического удара. Однако по свидетельству Гегама Клекчяна, личного служителя Патриарха, и Гайка Егиазаряна, лечащего врача Католикоса, он был задушен. Эту точку зрения поддерживает большинство историков.
