В 1859 году перешёл на службу в Ярославль управляющим палатой государственных имуществ; здесь он принял самое близкое участие, как член губернского присутствия, в проведении крестьянской реформы в Ярославской губернии; когда закончилось устройство быта государственных крестьян, Якушкин перешёл в управляющие ярославской казённой палаты и занимал это место до 1884 года. Так как он был вместе с тем, по должности, членом губернского присутствия по крестьянским делам, то всё выкупное дело в губернии шло через его руки. Сам Е. И. Якушкин освободил своих крестьян полностью, без выкупа и с землёй. В 1860-х годах он был в числе учредителей и учителей воскресной школы в Ярославле, и в числе учредителей общества вспомоществования учащимся и его председателем. В 1874 году был произведён в действительные статские советники, в 1885-м вышел в отставку[3].
С молодых лет ему были близки литературные интересы. Ещё в 1850-х годах Якушкин начал печатать статьи и заметки в журналах по общественной и литературной истории; большое значение имели статьи его о сочинениях Пушкина в «Библиографических записках» 1858 года, давшие важные дополнения, по подлинникам и по копиям, к тексту Пушкина. Зная лично близко многих декабристов, Якушкин собрал много материалов, касающихся их деятельности, ссылки декабристов и пр. По его инициативе были написаны и напечатаны такие важные мемуары, как воспоминания Басаргина, Пущина, Оболенского, Штейнгеля, Якушкина-старшего и других декабристов. Один из тайных корреспондентов «Полярной звезды», в начале 1860-х годов был близок к обществу «Земля и воля». До преклонных лет находился под наблюдением полиции[4].
Якушкин близко изучил крестьянское дело и условия крестьянского быта, и это отразилось на направлении его научно-литературной деятельности в область этнографии, в частности — обычного права. Его многолетний труд — библиография обычного права — не только единственный в своём роде, но замечателен и как работа библиографическая вообще. Первый выпуск «Обычного права» вышел в 1875 году, второй — в 1896 году, третий («Обычное право русских инородцев») — в 1899 году, четвёртый (посвящённый крестьянскому землевладению) — в 1909 году. Им составлены также «Материалы для словаря народного языка в Ярославской губернии» (Ярославль, 1896).
Е. И. Якушкин постепенно составил себе обширную библиотеку (около 15 000 томов), в которой было много книг по всем отраслям знания, немало библиографических редкостей, а некоторые отделы были известны своей полнотой. Часть книг из неё Якушкин передал в дар библиотекам Москвы и Ярославля. После его смерти библиотека перешла к его сыну Вячеславу — исследователю русской истории и истории русской литературы. В дальнейшем библиотека поступила в Московский городской народный университет имени А. Л. Шанявского[5].
Софья Евгеньевна (1853 — не раньше 1937, США) замужем за членом окружного суда в Баку Никанором Александровичем Шубиным[10]. Её дочь Екатерина была замужем за И. Б. Розеном[11].Файл:Yakushkina Bizeeva.jpgМарья Александровна Бизеева
Вячеслав Евгеньевич (1856—1912) — историк, публицист и общественный деятель.
Евгений Евгеньевич (1859[9]—1930) — преподаватель древних языков, директор 7-й московской гимназии.
Вторая жена (c 1880) — Мария Александровна Бизеева (около 1837 — не ранее ноября 1917)[7], по словам современника, столь поздний брак Якушкина удивил многих. Его избранница была не только стара, но и нехороша собою и неумна, что не мешало ей считать себя большою умницею, а по внешности особою очаровательною. Правда, несмотря на порою злой, из-за дурашливой болтливости язык, была, она в сущности, очень доброй и с нежностью заботилась о воспитании детей своей покойной сестры Шиповой. Любопытно, что у Якушкина был соперник — другой претендент на перезрелые руку и сердце Марии Александровны — старичок помещик-гусар, А. Г. Высоцкий. Бизеева напропалую кокетничала с обоими претендентами и остановила свой выбор на Евгении Ивановиче[12]. Брак этот был вполне удачным, супруги жили в добром согласии и, насколько возможно, счастливо. Перед революцией жила в имении племянника И. П. Шипова в селе Марьинское Марьинско-Александровской волости Нерехтского уезда[13].
